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1. miRNA典型的完整項目服務(wù)

客戶(hù)提供樣本，包括細胞，組織或者血液樣本。提取總RNA，miRNA芯片試驗，miRNA芯片數據的生物分析，得到候選的符合預期的miRNA候選群組，針對候選的miRNA群組進(jìn)行qRT-PCR驗證。根據驗證
結果篩選獲得候選的代表性的microRNA，進(jìn)行功能分析。轉染miRNA mimics,microRNA inhibitors可以研究調控miRNA所引起的生物學(xué)效應，并通過(guò)下游的基因表達分析或者表型分析，可以確定特
點(diǎn)miRNA的靶標基因及其功能。典型的試驗設計包括：轉染mimic或者inhibitor,或者還可以共轉染帶有miRNA結合位點(diǎn)的報告基因載體系統，下游的檢測包括報告載體分析，qRT-PCR、芯片分析、蛋
白分析。

2.miRNA生物信息學(xué)預測及其功能檢查

客戶(hù)提供相應的候選miRNA，根據客戶(hù)提供的候選miRNA,我們做靶標基因的生物信息學(xué)預測，根據預測的結果，進(jìn)行miRNA與帶有miRNA結合位點(diǎn)的報告基因載體系統進(jìn)行結合位點(diǎn)的確認。通過(guò)
microRNA反義技術(shù)，miRNA的RNAi干擾技術(shù)以及相應的miRNA mimics 或microRNA inhibitor進(jìn)行試驗的佐證和二次確認試驗。

3.客戶(hù)訂制實(shí)驗服務(wù)

根據客戶(hù)實(shí)驗以及周期要求，針對具體實(shí)驗階段或者試驗要求，設計實(shí)驗，完成客戶(hù)指定的某一流程的服務(wù)。

microRNA研究相關(guān)數據庫與預測、功能分析軟件

融合Targetscan，PicTar，miRanda等軟件操作，更方便更簡(jiǎn)單，首推軟件：http://bioinfo.univ-rouen.fr/mirabel/

miRNA研究更多工具：

1.miRBase: http://www.mirbase.org miRBase序列數據庫是一個(gè)提供包括已發(fā)表的miRNA 序列數據、注釋、預測基因靶標等信息的全方位數據庫，是存儲miRNA信息最主要的公共數據庫之一。miRBase提供便捷的網(wǎng)上查詢(xún)服務(wù)，允許用 戶(hù)使用關(guān)鍵詞或序列在線(xiàn)搜索已知的miRNA和靶標信息。

2.miRecords: http://mirecords.biolead.org/ 動(dòng)物 miRNA 的靶相互作用的數據庫, 包括人工收集實(shí)驗驗證的, 預測的 miRNA的靶目標. 靶標預測工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.

3.PMRD: http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ PMRD是一個(gè)關(guān)于植物MicroRNA 數據庫，包括了microRNA序列和它們的靶基因、二級結構、表達譜、基因組搜索等等，并且該數據庫嘗試著(zhù)整合大量的關(guān)于植物microRNA的數據。

4.CoGeMiR: http://cogemir.tigem.it/ CoGeMiR數據庫總結關(guān)于在進(jìn)化過(guò)程中MicroRNA 在不同動(dòng)物中的保守性。該數據庫搜集已知的和預測的microRNA關(guān)于染色體定位、保守性和表達譜方面的信息。

5.MicroRNAdb: http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/micrornadb/index.php MicroRNAdb是一個(gè)關(guān)于microRNA的綜合性數據庫。相比其他數據庫，MicroRNAdb搜集的microRNA更完整且進(jìn)行了充分的注釋。如今，該數據庫有732個(gè)microRNA序列的條目和439個(gè)詳細的注釋。

6.miRWalk: http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/ miRWalkis是一個(gè)綜合性數據庫，提供來(lái)自人類(lèi)、小鼠和大鼠的miRNA的預測信息和經(jīng)過(guò)驗證的位于其靶基因上的結位點(diǎn)。 7.TarBase: http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/ TarBase數據庫人工搜集了實(shí)驗驗證過(guò)的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蠅、蠕蟲(chóng)和斑馬魚(yú)中的miRNA的靶基因，區分出這些miRNA靶基因中的對的和不對的。

8.miRGator:http://genome.ewha.ac.kr/miRGator/miRGator.html miRGator數據庫是一個(gè)引導對miRNA進(jìn)行功能闡釋的工具。功能分析和表達譜結合靶基因預測，可以對miRNA的生物學(xué)功能進(jìn)行推測。

9.miRGen:http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html miRGen是一個(gè)整合型數據庫,包括：(i)動(dòng)物miRNA和基因組元件之間的位置關(guān)系;(ii)通過(guò)結合廣泛使用的靶基因預測程序得到動(dòng)物miRNA靶基因。

10.miRNAMap:http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/ miRNAMap數據庫搜集了多個(gè)物種的經(jīng)過(guò)試驗證明的microRNA和miRNA靶基因，其中包括人類(lèi)的、小鼠的、大鼠的以及其他多細胞動(dòng)物的基因組。

11.Vir-Mir:http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi Vir-Mir數據庫提供預測的病毒miRNA的候選發(fā)夾結構序列。

12.ViTa:http://vita.mbc.nctu.edu.tw/ ViTa數據庫搜集來(lái)自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等數據庫的病毒數據，包括了已知的病毒的miRNA以及相應的由 miRanda和TargetScan預測的宿主miRNA靶基因。ViTa還提供有效的注釋?zhuān)?人類(lèi)miRNA的表達情況，病毒感染的組織等。

13.ASRP Database:http://asrp.cgrb.oregonstate.edu/db/ ASRP網(wǎng)站組織了擬南芥中的小RNA的信息，這些小RNA是通過(guò)ASRP或其他實(shí)驗室分離得到的。 14.miRNApath:http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php miRNApath是一個(gè)關(guān)于miRNA、靶基因以及代謝通路的的數據庫。

15.miRex:http://miracle.igib.res.in/mirex/ miRex是一個(gè)分析microRNA基因表達的在線(xiàn)資源庫，搜集，整理和分析已發(fā)表的關(guān)于microRNA基因表達的數據，它允許研究者通過(guò)數千數據點(diǎn)來(lái)分析基因表達和提供microRNA基因表達數據的在線(xiàn) 保存。

16.PolymiRTS:http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 自然產(chǎn)生的miRNA的靶標位點(diǎn)DNA變異的數據庫.

17.SeqBuster:http://estivill_lab.crg.es/seqbuster/ a bioinformatic web interface able to custom analyze deep sequencing data to study miRNA variants or isomiRs. From Genetic Causes of Disease Group, Genes and Disease Program, Centre for Genomic Regulation (CRG), Pompeu Fabra University, Barcelona, Catalonia, Spain.

18.WMD3: http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi WMD3 designs artificial microRNAs (amiRNAs). The 21mer amiRNA21mers can specifically silenceg single or multiple genes of interest in more than 90 plants. From Max Planck Institute for Developmental Biology, 72076 Tübingen, Germany.

19.TargetScan:http://www.targetscan.org/ TargetScan是通過(guò)搜索和每條miRNA種子區域匹配的保守的8mer和7mer位點(diǎn)來(lái)預測靶基因。

20.microRNA.org:http://www.microrna.org/ miRanda數據庫提供了關(guān)于人類(lèi)、果蠅和斑馬魚(yú)基因組的microRNA靶目標的預測信息以及miRNA在不同組織的表達譜。

21.PicTar: http://www.pictar.org/ icTar是通過(guò)一定計算法則來(lái)鑒定microRNA的靶目標的。該可搜索的網(wǎng)站可以提供以下物種的關(guān)于microRNA靶目標的預測詳細信息，包 括：脊椎動(dòng)物、七個(gè)果蠅種類(lèi)、三個(gè)線(xiàn)蟲(chóng)種類(lèi)和人類(lèi)的非保 守但共表達的microRNA的靶目標(例如：表達在同一組織的microRNA和mRNA)。

22.RNAhybrid:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ RNAhybrid是一種用于尋找一條長(cháng)鏈RNA和一條短鏈RNA的最小配對自由能的工具，是通過(guò)一種域碼來(lái)實(shí)現的。例如一條短鏈序列結合到長(cháng)鏈的最佳位置上。該工具主要作為microRNA靶基因預測用.

23.microInspector:http://bioinfo.uni-plovdiv.bg/microinspector/ microInspector提供miRNA結合位點(diǎn)的預測。

24.TripletSVM: http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/ TripletSVM是一個(gè)用于預測一個(gè)具有發(fā)夾結構的被查詢(xún)序列是否是一個(gè)真正的miRNA前體物的程序.

25.TransmiR: http://cmbi.bjmu.edu.cn/transmir TransmiR是關(guān)于轉錄因子的microRNA調節的數據庫，對于用于學(xué)術(shù)研究室免費的。 26.miR2Disease:http://mlg.hit.edu.cn:8080/miR2Disease/search.jsp miR2Disease數據庫是一個(gè)人工注釋的數據庫，主要收錄的是與人類(lèi)疾病相關(guān)的microRNA信息.

27.S-MED: http://www.oncomir.umn.edu/SMED/index.php S-MED(肉瘤microRNA表達數據庫)是一個(gè)存儲miRNA表達譜的數據庫，這些miRNA是在多種人的肉瘤中以及一些選擇的正常組織中發(fā)現的。

28.PMRD：http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ 植物microRNA數據庫

29.deepBase： http://deepbase.sysu.edu.cn/ deepBase從新一代測序技術(shù)(深度測序技術(shù)，deep-sequencing)數據中注釋和鑒定microRNA，piRNA，siRNA基因及長(cháng)非編碼RNA基因及其他們的表達模式。

30.starBase： http://starbase.sysu.edu.cn/ starBase 從高通量的CLIP-Seq實(shí)驗數據(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解組實(shí)驗數據中(degradome sequencing)搜尋micorRNA的靶標。提供了各式各樣的可視化界面去探討microRNA的靶標

31.PITA: http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html PITA基于靶位點(diǎn)的可接性(target-site accessibility)預測microRNA的靶標。

32.RNA22：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html RNA22基因序列特征預測microRNA的結合位點(diǎn)。

33.miRTarBase:http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html 一個(gè)全面收集已被實(shí)驗驗證的microRNA靶標數據庫。

34.miRanda： http://www.microrna.org/microrna/home.do miRanda是John等于2003年5月開(kāi)發(fā)的第一個(gè)miRNA靶基因預測軟件。miRanda適用范圍廣泛，不受物種限制，同時(shí)提供了 windows,linux,和macintosh多平臺版本，可以下載到本地運行。堿基互補 方面，miRanda算法和Smith-Waterman算 法相似，但它以堿基互補(如A=U,G≡C等)代替Smith-Waterman算法中的堿基匹配(如A-A,U-U等)來(lái)構建打分矩陣，允許G=U錯 配，為了體現miRNA3’ 端和5’端和靶基因作用過(guò)程中的不對稱(chēng)性，軟件給出了scale參數(5’端11個(gè)堿基得分值乘以該值，然后和3’端11個(gè)堿 基得分值相加作為堿基互補得分)。同時(shí)強調miRNA第2到4位堿基和靶基因 精確互補，第3到12位堿基和靶基因錯配不得多于5個(gè)，9到L-5(L為 miRNA總長(cháng))位堿基至少一個(gè)錯配，最后5個(gè)堿基錯配不得多于兩個(gè)。 35.DIANA-microT： http://www.microrna.gr/microT DIANA-microT是KiriakidouM等基于實(shí)驗和計算生物學(xué)方法開(kāi)發(fā)的miRNA靶基因預測軟件。和miRanda預測結果中可能出 現一個(gè)miRNA對應多個(gè)靶位點(diǎn)或多個(gè)miRNA對應一個(gè)靶位點(diǎn)而丟掉了miRNA調 控單個(gè)靶位點(diǎn)不同的是，DIANA-microT考慮了miRNA調 控單個(gè)靶位點(diǎn)的情況。DIANA-microT預測算法基于以下兩點(diǎn)來(lái)判別miRNA靶基因：①miRNA和靶基因間的高親和力，主要通過(guò)結合能來(lái)衡量。 ②影響miRNA和靶基因所形成二聚體莖環(huán)結構環(huán)部位置和環(huán)大小的miRNA相關(guān)蛋白可能指導miRNA和靶基因的相互作用。 36.RNAhybrid： http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ RNAhybrid是Behmsmeier M等[15]基于miRNA和靶基因二聚體二級結構開(kāi)發(fā)的miRNA靶基因預測軟件。RNAhybrid預測算法禁止分子內、miRNA分子間及靶基因間 形成二聚體，根據miRNA和靶基因間 結合能探測最佳的靶位點(diǎn)。盡管隨著(zhù)靶基因序列長(cháng)度增加，運算復雜度也相應增加，但RNAhybrid和其它RNA二 級結構預測軟件諸如mfold, RNAfold, RNAcofold和pairfold相比，仍具有明顯的速 度優(yōu)勢。此外，RNAhybrid允許用戶(hù)自定義自由能閾值及p值，也允許用戶(hù)設置雜交位點(diǎn)的 偏向，如雜交位點(diǎn)必須包含miRNA 5’端2-7nt等。